Avant la guerre, ce qui constituait en pratique le gouvernement de Rokugan était la réunion des personnages suivants et de leurs services :
- L'Empereur : autorité suprême, sa parole fait la Loi. C'est donc lui seul qui a le pouvoir législatif.
- Le Chancelier : coordonne l'action du gouvernement, relais entre l'Empereur et les différents services administratifs. Il veille à l'application des lois. Il a (ou devrait avoir) le pouvoir exécutif.
- Le Conseiller Impérial : informe l'empereur des évènements de Rokugan, des problèmes entre Clans, entre membres du gouvernement. Observateur attentif du système politique, mais en dehors.
- Le Daimyo Ottomo : à la tête de l'administration impériale (impôts, état civil, enregistrement des actes...). Son véritable rôle est de s'assurer que les Clans remplissent leurs obligations, et n'essayent pas de renverser l'Empereur.
- Le Daimyo Seppun : à la tête des forces armées des familles impériales. Il veille avant tout à la sécurité de l'Empereur et de ses représentants. Il s'occupe aussi de la police (sauf à Otosan Uchi) et de la justice dans les terres impériales.
- Le Daimyo Miya : à la tête des archives impériales, et des héraults et courriers impériaux, qui font parvenir la Loi impériale dans les provinces et servent d'émissaires et de diplomates en cas de conflits entre Clans. C'est la "première ligne" des services impériaux.
- Le Champion d'Emeraude : chargé de la Justice Impériale. Seuls les magistrats d'Emeraude peuvent enquêter sur les affaires criminelles impliquant plusieurs Clans et/ou l'Empereur. Les Légions impériales veillent au respect de la Justice Impériale.
- Le Champion de Jade : surveille toute utilisation illégale de la magie dans l'Empire, en particulier la Maho. A la tête des magistrats de Jade, qui enquêtent, et des inquisiteurs impériaux, qui règlent tout problème magique... définitivement.
- La Voix de l'Empereur : envoyé spécial de l'Empereur. Ce qui va de la simple représentation en temps de paix à la délégation des pleins pouvoirs sur une crise précise.
Tout cela fonctionnait, mais il y avait de nombreux problèmes entre services impériaux. Par exemple : Asahina Sekawa, le Champion de Jade, a eu maille à partir avec La Voix de l'Empereur et le capitaine de la garde secrète (qui dépend du daimyo Seppun) sur des problèmes de Maho à Otosan Uchi. La présence des ambassadeurs de chaque Clan, chacun spécialisé dans un domaine (la magie pour les Phénix par exemple) pouvait conduire à de sérieux imbroglios juridiques.
La récente création du poste de Shogun, chef des armées impériales, a ajouté à la confusion. En effet, le daimyo Seppun et le Champion d'Emeraude ont tous deux des prérogatives militaires. En plus d'être Champion du clan du Lion et d'avoir une armée "privée" (formée de ronins et de ji-samouraïs attirés par la gloire), il est censé pouvoir commander toute armée au nom de l'Empereur.
Toturi III, après le deuxième Gozoku, veut rationnaliser le système.